Năm 2015 là năm đầu tiên 20/20 Vụ, Cục, Tổng cục (đạt 100%) hoàn thành thủ tục tự công bố đủ tiêu chuẩn áp dụng Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001:2008 năm 2015 theo quy định của Chính phủ. Với mục tiêu hỗ trợ các đơn vị thực hiện tốt việc triển khai áp dụng Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn TCVN ISO 9001:2008 tại các đơn vị của Cơ quan Bộ Y tế, trong năm 2015 Văn phòng Bộ Y tế đã tổ chức 02 lớp tập huấn và cấp chứng chỉ Đánh giá viên nội bộ Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001: 2008 trong quản lý hành chính nhà nước cho cán bộ Lãnh đạo và đầu mối triển khai ISO của các Vụ, Cục, Tổng cục, Thanh Tra Bộ. Phối hợp với Đơn vị tư vấn (Công ty TNHH GIC Việt Nam) tổ chức đánh giá giám sát định kỳ các hoạt động áp dụng Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn TCVN ISO 9001: 2008 theo quy định của Tổng cục Đo lường Chất lượng tại các Vụ, Thanh tra Bộ và Văn phòng Bộ Y tế trong năm 2015, tổ chức đầy đủ các hoạt động theo dõi, đo lường định kỳ hệ thống theo đúng quy định.

Bộ Y tế tiếp tục xây dựng các quy trình thủ tục hành chính phát sinh mới và các quy trình xử lý công việc cần thiết, cập nhật liên tục hệ thống quy trình thủ tục hành chính và quy trình xử lý công việc hiện có của Cơ quan Bộ Y tế. Đã ban hành 37 quy trình xây mới, 22 quy trình sửa đổi và 03 quy trình xây mới phát sinh trong năm 2015. Thường xuyên tổ chức tập huấn về Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn TCVN ISO 9001:2008 và phổ biến các quy trình cải cách hành chính và quy trình xử lý công việc đã có cũng như mới xây dựng của Cơ quan Bộ Y tế cho các cán bộ, công chức, viên chức và các tổ chức, cá nhân làm việc với Bộ Y tế.​