Ở các vùng miền sau mưa, lũ, lụt, bệnh về đường tiêu hóa thường tăng lên một cách đáng kể. Các bệnh đường tiêu hóa hay gặp như tả, lỵ, thương hàn, nhiễm khuẩn, nhiễm độc thức ăn do các loại vi khuẩn khác (E.coli, Campylobacter...) hoặc amíp, giardia.

Bệnh hay gặp nhất trong và sau mưa, lũ, lụt là bệnh tiêu chảy cấp. Bệnh do nhiều loại vi khuẩn khác nhau gây nên nhưng chiếm vị trí hàng đầu vẫn là vi khuẩn tả (Vibrio cholera). Ở những vùng miền xảy ra mưa, lũ, lụt mà trong các nguồn nước có vi khuẩn tả thì cực kỳ nguy hiểm vì chúng có khả năng lây lan nhanh chóng. Bên cạnh tiêu chảy cấp do vi khuẩn thương hàn (Salmonella), vi khuẩn lỵ (Shigella), vi khuẩn E.coli, Campylobacter và một số vi khuẩn đường ruột khác cũng đóng vai trò đáng kể trong việc gây bệnh tiêu chảy gặp ở vùng mưa, lũ, lụt liên quan đến vệ sinh môi trường, vệ sinh thực phẩm và nước dùng trong sinh hoạt (ăn, uống). Khi xảy ra mưa lũ, úng lụt, các bệnh lây truyền qua nước sẽ có nguy cơ bùng phát hàng đầu: tiêu chảy do Rotavirus, tình trạng nhiễm giun sán... cũng sẽ có cơ hội lây truyền nhanh hơn. Ở trẻ em, nguy cơ mắc bệnh tiêu chảy do Rotavirus là rất lớn và khả năng lây lan cũng mạnh, nhất là dùng nước ăn uống không hợp vệ sinh.​