Theo báo cáo thống kê của đường dây nóng Bộ Y tế ngày 13/6/2016, Bộ Y tế đã tiếp nhận cuộc gọi của người dân phản ánh về trường hợp trẻ tử vong tại Bệnh viện Lê Lợi. Cụ thể như sau: Trẻ nhập viện tại Phòng Cấp cứu, Bệnh viện Lê Lợi. Sau  khi nhập viện, các bác sỹ tiến hành xét nghiệm cho trẻ nhưng không xác định được bệnh, nghi ngờ viêm não thể tối cấp. Sau đó trẻ bị sốc thuốc và tử vong. Gia đình yêu cầu xác minh nguyên nhân tử vong của trẻ.

Sau khi tiếp nhận ý kiến phản ánh nêu trên, Bộ Y tế đã có công văn gửi đến đơn vị yêu cầu kiểm tra, xác minh thông tin phản ánh của người dân, xử lý nghiêm cá nhân và tập thể nếu có vi phạm theo đúng quy định. Kết quả như sau: Tại Phòng cấp cứu, Bệnh viện Lê Lợi, khi thực hiện các chỉ định về xét nghiệm, điều dưỡng Khoa Cấp cứu có lấy sẵn một mẫu máu cho Khoa Nhi nếu Khoa Nhi (nhằm hạn chế lấy mẫu nhiều lần vì bé khó lấy máu tĩnh mạch). Tuy nhiên, mẫu máu lúc đó không được sử dụng, đến thời điểm bé diễn tiến bệnh nặng tại Khoa Nhi lúc 17h50, Bác sỹ có chỉ định xét nghiệm nên phải lấy máu lần 2 để làm xét nghiệm cho bé. Không có xảy ra vấn đề máu đông ảnh hưởng đến quy trình lấy mẫu máu làm xét nghiệm và kết quả xét nghiệm. Tại thời điểm bé diễn biến nặng, bé trong tình trạng bị suy hô hấp, trụy mạch có chỉ định đặt nội khí quản hỗ trợ hô hấp, do lúc đó bé bị kích thích, vật vã thì việc sử dụng thuốc an thần trước khi đặt nội khí quản là phù hợp. Tình trạng của bé diễn tiến xấu là do bệnh lý, không phải do tình trạng sốc thuốc như gia đình bé hiểu. Đây là trường hợp nghi ngờ viêm não thể tối cấp. Bệnh khó chẩn đoán, diễn tiến rất nhanh vì vậy bác sỹ chưa chẩn đoán, tiên lượng và xử trí phù hợp mặc dù thăm khám, theo dõi, chăm sóc liên tục.​