Thông tư này quy định mức giới hạn tối đa dư lượng thuốc thú y trong thực phẩm được sản xuất trong nước, thực phẩm nhập khẩu và áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân sản xuất, sơ chế, chế biến, kinh doanh, nhập khẩu các loại thực phẩm.

Thông tư quy định mức giới hạn tối đa dư lượng của 59 loại thuốc thú y trong các loại thịt, gan, thận, mỡ trâu, bò, lợn, cừu, gà, thỏ... Cụ thể, dư lượng thuốc kháng khuẩn Amoxicillin và Benzylpenicillin tối đa là 50 µg/kg đối với thịt, gan, thận, mỡ trâu, bò, cừu, lợn và tối đa 04 µg/kg đối với sữa bò, sữa cừu; dư lượng thuốc kháng khuẩn Chlortetracycline/Oxytetracycline/Tetracycline tối đa là 200µg/kg đối với thịt trâu, bò, thịt cá, thịt tôm sú, thịt lợn, thịt cừu, thịt gia cầm và tối đa là 600 µg/kg đối với gan trâu, bò, gan lợn, gan cừu, gan gia cầm; dư lượng thuốc trị giun sán Closantel tối đa là 1000 µg/kg đối với thịt, gan trâu bò, 1500 µg/kg đối với thịt cừu, gan cừu; dư lượng thuốc trừ sâu Cyfluthrin và Cyhalothrin tối đa là 20 µg/kg đối với thịt, gan, thận trâu, bò, lợn; dư lượng thuốc tẩy giun sán Flubendazole tối đa là 200 µg/kg trong thịt gia cầm, 500 µg/kg trong gan gia cầm và 400 µg/kg trong trứng gia cầm; dư lượng thuốc kích thích tăng trưởngTrenbolone Acetate và Zeranol tối đa trong thịt trâu, bò là 2µg/kg và trong gan trâu, bò là 10µg/kg; dư lượng thuốc kích thích tăng trưởng Ractopamine trong thịt trâu, bò, lợn là 10µg/kg, trong gan trâu, bò, lợn là 40µg/kg, trong thận trâu bò là 90 µg/kg và trong thịt, gan, thận, mỡ gà là 100 µg/kg....

Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 01 tháng 10 năm 2013. Bãi bỏ Phần 2 “Giới hạn tối đa dư lượng thuốc thú y trong thực phẩm” ban hành kèm theo Quyết định số 46/2007/QĐ-BYT ngày 19 tháng 12 năm 2007 của Bộ trưởng Bộ Y tế về “Quy định giới hạn tối đa ô nhiễm sinh học và hoá học trong thực phẩm” kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực.

Trong trường hợp Quy chuẩn kỹ thuật Quốc gia tương ứng được ban hành thì mức giới hạn tối đa dư lượng thuốc thú y trong thực phẩm được thực hiện theo Quy chuẩn kỹ thuật đó.​