Về cải cách thủ tục hành chính trong các lĩnh vực quản lý nhà nước, trong 6 tháng đầu năm 2014, Bộ Y tế  đã  nghiêm túc triển khai thực hiện đơn giản hóa các thủ tục hành chính được giao theo Nghị Quyết 25/NQ-CP ngày 2/6/2010 và Nghị Quyết 62/NQ-CP ngày 7/12/2010 của Chính phủ  đề ra. Hiện nay Bộ Y tế đã hoàn thành việc thực thi đơn giản hóa 205 thủ tục trên tổng số 227 thủ tục (tương đương  90%). Như vậy, Bộ Y tế đã cơ bản hoàn thành việc thực thi đơn giản hóa các thủ tục hành chính được giao tại các Nghị quyết của Chính phủ về đơn giản hóa thủ tục hành chính.

 Về cải cách thủ tục hành chính giữa các cơ quan hành chính nhà nước, các ngành, các cấp và trong nội bộ từng cơ quan hành chính nhà nước, Bộ Y tế đã phối hợp tốt với các Bộ, ngành trong việc ban hành các thủ tục hành chính liên ngành thông qua việc ban hành các thông tư liên tịch. Trong quý II, liên Bộ Bộ Y tế, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Công Thương đã phối hợp ban hành Thông tư liên tịch số 13/2014/TTLT-BYT-BNNPTNT-BCT ngày 9 tháng 4 năm 2014 hướng dẫn việc phân công, phối hợp trong quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm.

Về kiểm soát thủ tục hành chính, trong Quý II, Bộ Y tế đã ban hành 04 Quyết định công bố số 1143 /QĐ-BYT ngày 04/4/2014 trong lĩnh vực Dược - Mỹ phẩm, Quyết định số 1669/QĐ-BYT ngày 12/5/2014 trong lĩnh vực Khoa học đào tạo, Quyết định số 1744/QĐ-BYT ngày 16/5/2014 trong lĩnh vực an toàn thực phẩm và Quyết định số 1817/QĐ-BYT ngày 23/5/2014 công bố 14 thủ tục hành chính và bãi bỏ 07 thủ tục hành chính;  ban hành và công bố công khai trên Cơ sở dữ liệu Quốc gia là 333 thủ tục.

Các đơn vị thuộc Bộ Y tế đã thực hiện đúng các yêu cầu về niêm yết công khai các quy định về thủ tục hành chính tại trụ sở cơ quan, đơn vị trực tiếp giải quyết thủ tục hành chính.

 Để tạo điều kiện thuận lợi cho việc tiếp nhận, xử lý phản ánh, kiến nghị của cá nhân, tổ chức về quy định hành chính, địa chỉ tiếp nhận phản ánh kiến nghị của cá nhân và doanh nghiệp đối với các quy định hành chính luôn được đăng tải trên trang chủ của Cổng thông tin điện tử của Bộ Y tế và được niêm yết tại nơi tiếp nhận giải quyết thủ tục hành chính.