Hiện nay, các đơn vị thuộc Cơ quan Bộ đã nghiêm túc thực hiện Nghị định số 130/2005/NĐ-CP ngày 17/10/2005 của Chính phủ quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế  và kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan hành chính nhà nước. Các đơn vị đều đã ban hành Quy chế chi tiêu nội bộ làm cơ sở chi tiêu đảm bảo các hoạt động công vụ được thường xuyên. 

Thực hiện Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/4/2006 của Chính phủ quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập, 100% các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Bộ đã có đề án được phê duyệt và đang triển khai theo quy định về tự chủ, tự chịu trách nhiệm đối với các đơn vị sự nghiệp công lập.

Hiện, Bộ Y tế đang trong quá trình xin ý kiến cho dự thảo các thông tư, thông tư liên tịch hướng dẫn thực hiện Nghị định 85/2012/NĐ-CP ngày 15/10/2012 về cơ chế hoạt động, cơ chế tài chính đối với các đơn vị sự nghiệp y tế công lập và giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh của các cơ sở y tế công lập.