Thông tư này quy định Danh mục bệnh nghề nghiệp được hưởng bảo hiểm xã hội và hướng dẫn chẩn đoán, giám định​ bệnh nghề nghiệp tại các Phụ lục cụ thể ban hành kèm theo Thông tư.

Thông tư số 15/2016/TT-BYT bãi bỏ các văn bản: Thông tư liên bộ số 08/TT-LB ngày 19/5/1976 của Bộ Y tế - Bộ Lao động-Thương binh và Xã hội, Tổng Công đoàn Việt Nam quy định một số bệnh nghề nghiệp và chế độ đãi ngộ công nhân viên chức nhà nước mắc bệnh nghề nghiệp; Thông tư liên bộ số 29/TT-LB ngày 25/10/1991 của Bộ Y tế - Bộ Lao động-Thương binh và Xã hội, Tổng Công đoàn Việt Nam bổ sung một số bệnh nghề nghiệp; Quyết định số 27/QĐ-BYT ngày 21/9/2006 của Bộ Y tế ban hành bổ sung 04 bệnh nghề nghiệp vào danh mục bệnh nghề nghiệp được bảo hiểm; Thông tư số 42/2011/TT-BYT ngày 30/11/2011 của Bộ Y tế bổ sung bệnh nhiễm độc Cadimi nghề nghiệp, bệnh nghề nghiệp do rung toàn thân, nhiễm HIV do tai nạn rủi ro nghề nghiệp vào danh mục bệnh nghề nghiệp được bảo hiểm và hướng dẫn tiêu chuẩn chẩn đoán, giám định; Thông tư số 36/2014/TT-BYT ngày 14/11/2014 của Bộ Y tế bổ sung bệnh Bụi phổi Than nghề nghiệp vào danh mục bệnh nghề nghiệp được bảo hiểm và hướng dẫn chẩn đoán, giám định; Bảng 3 tỷ lệ tổn thương cơ thể do bệnh nghề nghiệp tại Thông tư số 28/2013/TTLT-BYT-BLĐTBXH ngày 27/9/2013 của liên Bộ Y tế, Bộ Lao động-Thương binh và Xã hội quy định tỷ lệ tổn thương cơ thể do thương tích, bệnh tật và bệnh nghề nghiệp; Mục V và Mục VII Thông tư liên tịch số 08/1998/TTLT-BYT-BLĐTBXH ngày 20/4/1998 của liên Bộ Y tế, Bộ Lao động-Thương binh và Xã hội hướng dẫn thực hiện các quy định về bệnh nghề nghiệp.

Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 01/7/2016.​