Ban Cán sự Đảng, Lãnh đạo Bộ Y tế đã quyết liệt chỉ đạo công tác cải cách hành chính trong cơ quan Bộ và toàn ngành Y tế. Các Vụ, Cục, Tổng cục và các đơn vị trực thuộc Bộ đã tích cực triển khai thực hiện nên công tác cải cách hành chính của Bộ Y tế đã được tiến hành đồng bộ, bảo đảm chất lượng, phục vụ tốt cho các hoạt động của ngành Y tế.

            Bộ Y tế đã ban hành Kế hoạch cải cách hành chính năm 2014 đã được Bộ trưởng Bộ Y tế (Quyết định số 436/QĐ-BYT ngày 07/02/2014; bao gồm 8 lĩnh vực cụ thể: Cải cách thể chế, cải cách thủ tục hành chính, cải cách tổ chức bộ máy, xây dựng và nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ công chức, cải cách tài chính công, thực hiện đề án đẩy mạnh cải cách chế độ công vụ công chức 2014, hiện đại hóa nền hành chính, công tác chỉ đạo điều hành).

Trong 6 tháng đầu năm 2014, Bộ Y tế đã tổ chức triển khai nhiều hoạt động để phổ biến, hướng dẫn các đơn vị trong toàn ngành thực hiện Nghị quyết số 30C/NQ-CP ngày 08/11/2011 của Chính phủ về Chương trình tổng thể cải cách hành chính nhà nước giai đoạn 2011-2020, điển hình là các hoạt động sau:

-Tiếp tục rà soát việc xây dựng kế hoạch cải cách hành chính của các đơn vị được phân công thực hiện công tác cải cách hành chính như: Văn phòng Bộ, Thanh tra Bộ, Vụ Pháp chế, Kế hoạch Tài chính, Tổ chức Cán bộ, Cục Công nghệ thông tin... để đôn đốc nhắc nhở triển khai công tác cải cách hành chính theo QĐ số 436/QĐ-BYT ban hành kế hoạch năm của Bộ Y tế.

-Tổ chức triển khai hoạt động đào tạo, tập huấn về công tác cải cách hành chính nhà nước cho các cán bộ, công chức, viên chức làm công tác cải cách hành chính tại các đơn vị sự nghiệp thuộc Bộ và trực thuộc Bộ.

-Tiếp tục đổi mới việc xây dựng chương trình, kế hoạch công tác; xây dựng kế hoạch hàng tuần, hàng tháng nhằm đảm bảo đạt được kế hoạch đề ra. 02 tuần tổ chức giao ban cơ quan Bộ để phổ biến thông tin, báo cáo kết quả thực hiện công tác cải cách hành chính trong lĩnh vực đơn vị quản lý và những khó khăn vướng mắc trong quá trình hoạt động để xin ý kiến chỉ đạo của Lãnh đạo Bộ kịp thời xử lý.

- Bộ Y tế đã thực hiện nghiêm Quyết định số 114/2006/QĐ-TTg ngày 25 tháng 5 năm 2006 của Thủ tướng Chính phủ ban hành Quy định chế độ họp trong hoạt động của các cơ quan hành chính nhà nước. Lãnh đạo Bộ đã chủ động lồng ghép các hội nghị, hội thảo, tổ chức hội nghị trực tuyến để giảm thời gian và kinh phí đi lại cho cán bộ địa phương, thực hành tiết kiệm, chống lãng phí.

- Tiếp tục thực hiện Quy chế phối hợp trong việc tiếp nhận, xử lý phản ánh, kiến nghị của cá nhân, tổ chức về quy định hành chính thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Y tế (Quyết định số 2391/QĐ-BYT ngày 06/7/2011), địa chỉ tiếp nhận phản ánh kiến nghị của cá nhân và doanh nghiệp đối với các quy định hành chính đã được đăng tải trên trang chủ của Cổng thông tin điện tử của Bộ Y tế. Tuy nhiên, cho đến nay Bộ Y tế chưa nhận được phản ánh, kiến nghị nào của người dân và doanh nghiệp về các quy định hành chính thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Y tế thông qua địa chỉ tiếp nhận phản ánh kiến nghị nêu trên.​

​