Chức năng nhiệm vụ Cục Y tế dự phòng là cục chuyên ngành thuộc Bộ Y tế, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ Y tế quản lý nhà nước và tổ chức thực hiện các quy định của pháp luật về lĩnh vực y tế dự phòng trong phạm vi cả nước, bao gồm: phòng, chống bệnh truyền nhiễm, bệnh không lây nhiễm; kiểm dịch y tế biên giới; sử dụng vắc xin, tiêm chủng; xét nghiệm thuộc lĩnh vực y tế dự phòng, an toàn sinh học tại phòng xét nghiệm; dinh dưỡng cộng đồng; chăm sóc sức khỏe ban đầu và nâng cao sức khỏe cho người dân tại cộng đồng; phát triển, nâng cao năng lực của hệ thống y tế dự phòng; quản lý nhà nước các dịch vụ công thuộc lĩnh vực y tế dự phòng.